國內食品、藥品企業傳統的消毒方法是使用紫外線燈照射但紫外線的消毒效果受很多因素的影響，如照射強度、距離等，并且很容易存在消毒死角。而臭氧具有消毒滅菌速度快（3000倍于紫外線，600倍于氯）、消毒無死角、無任何殘留物、使用方便等優點。所以近年來國家商檢、質量、衛生等監管部門已明確要求相關企業淘汰紫外線燈，推薦使用臭氧發生器對空間和生產用水進行殺菌消毒。
在實際應用中，影響食品臭氧發生器消毒效果的因素主要有以下幾方面。
1.臭氧的均勻度
在消毒空間內，必須保證所有角落的臭氧濃度都能夠達到消毒標準，否則消毒效果還是很差。為此，在設計消毒方案時，必須周密考慮車間結構、臭氧投加方式、臭氧發生器性能等因素。臭氧發生器必須具有遠距離輸送臭氧的能力，空間消毒的話最好選用空氣源的臭氧發生器，如果車間有新風系統，當然最好，可以將臭氧發生器接到出風口；如果沒有新風系統可以選擇鋪設管道的方式，但是臭氧的投加量比標準投加要稍微大一些。
2.臭氧投加量
空間消毒是如果臭氧的投加量達不到標準數值，那么空間內的臭氧濃度也達不到要求的標準，消毒效果必然受影響。在計算臭氧投加量時，必須考慮臭氧在輸送過程中的損耗、門窗泄露等綜合因素，同時，也必須保證所選用的臭氧發生器能夠達到設計的臭氧產量。
3.臭氧發生器的性能
如果臭氧發生器的性能較差，在使用到一定時間后，臭氧產量會急劇減少，那么消毒效果將無從保證。臭氧發生器的核心部件就是臭氧放電體和專用電源，所以在采購時，要選擇可靠的臭氧發生器廠家，要考慮臭氧放電體和電源的匹配性，最好是廠家自己研發生產。
4.臭氧消毒的時間
雖然臭氧的消毒滅菌作用是在瞬間完成的，但臭氧濃度在空間內需要一定時間的積累，如果消毒時間不夠，消毒效果也會受影響。一般要求臭氧發生器停機半小時到一小時內，仍需密閉門窗。
5.其他
空間內環境溫度、濕度、密封程度、空氣潔凈度等，都會影響臭氧的消毒效果。使用臭氧發生器的環境溫度不要超過40攝氏度，濕度最好在60%-80%之間，空氣經過過濾凈化的空間。
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