接種室，培養室將臭氧發生器安裝在食用菌培養室室外，通過硅膠管接連到培養室內房頂20-25CM的地方（臭氧比空氣重1.6倍左右），對潔凈區進行消毒滅菌。
采用臭氧發生器連接導氣管，在食用菌培養室，接菌室，黑木耳深加工廠頂部布設管道，將臭氧送入潔凈區。特別是在食用菌生產前把各菌房用臭氧提前殺菌消毒。幾種方法消毒效果都是一樣的。從使用臭氧進行滅菌的食用菌廠的檢測報告可看到，菌檢全部合格，完全替代了令人頭痛的甲醛，硫磺熏蒸大消毒同時，能耗減少，人身健康，取得了滿意效果。
物體的表面消毒滅菌在食用菌生產過程中，常常要對原材料，工具器材，包裝物，生產場所等進行體表面消毒。特別是要對調好的培養基在臭氧消毒下進行多次翻動攤開消毒。在高壓滅菌時效果更好，高壓滅菌后的菌代口極易感染雜菌這時做表面殺菌非常重要。傳統的方法是用紫外線消毒，但消毒不徹底，存在消毒死角，衰減快，對于特定環境中的某些細菌無法殺死等種種弊端。按照衛生部消毒技術規范要求，用臭氧氣體對物體表面上污染的微生物的殺滅。
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